実験動物では感染症が多くみられますが、飼育下では栄養学的な疾患が多発します。

【不正咬合】

切歯（前歯）の不正咬合

　モルモットの歯は常生歯といって犬・猫と異なり、伸び続けます。通常は高線維質のフードや牧草・乾草などで自ら歯を磨耗させ、歯の長さを調節します。不正咬合はパン、炊いた白米、お菓子、柔らかい野菜、不適切なペレットなどの食餌により、磨耗回数の減少によっておこると考えられます。食餌である程度予防できますが、伸び過ぎた歯は定期的に削ったり研磨します。また、モルモットではビタミンＣが不足するとコラーゲンや象牙質、セメント質などに障害を与え、不正咬合の原因となるとも考えられています。

【鼻炎・気管支炎・肺炎】

鼻水がみられるモルモット

　細菌やウイルス、アレルギー、ストレスなどが原因と考えられます。病気の初期には症状が明確でなく、重症例や末期になってから鼻汁、眼脂、呼吸困難などの症状がみられます。早期に治療をしないと致命的な恐ろしい病気です。

【ビタミンＣ欠乏症】

ビタミンＣ欠乏により歩行が困難になったモルモット

　壊血症ともいわれます。モルモットはビタミンＣ（アスコルビン酸）を体内で合成できないため、食餌から補給しなければなりません。骨の変性や、歯の成分が作られないために不正咬合になったり、出血しやすくなったりします。

【皮下膿瘍】

膿瘍がみられるモルモット

　ケージ内での損傷、咬傷、不衛生な飼育環境などが原因です。脱毛や発赤がみられ、次第に皮下に膿がたまります。原則的に抗生物質の投与を行いますが、多くは切開することが多いです。

【外部寄生虫症】

シラミが寄生している被毛

ハジラミ

ダニの寄生により脱毛しているモルモット

センコウヒゼンダニ

　外部寄生虫が多くみられます。かゆみがみられ、皮膚炎をおこします。実際にはハジラミ、ズツキダニ、センコウヒゼンダニなどと診断されます。それぞれに適した方法、殺ダニ剤の外用などで治療を行います。